こんにちは。ポイントは
"core": null,
の部分かと思います。nullを指定すると自動的に最新のリリース版をダウンロードしてくるのですが、そのダウンロードされる一式の中に過去のデフォルトテーマが一式含まれているようです。nullだと、多分Twenty Tenあたりから全部入ってる感じじゃないでしょうか。
ここを
"core": "https://ja.wordpress.org/latest-ja.zip",
にすると日本語版の最新リリース版をとってくるわけですが、この場合だと現時点では、Twenty Twenty-Two以降の4つだけが入っていました。
試しに、プロジェクトのディレクトリ内（/wordpress）に自分でダウンロードしてきたWordPress本体を置いて、themesファイル内のテーマたちを全削除したうえで
"core": "./wordpress",
と指定して起動すると、"themes" でマッピングしたテーマだけが入っている状態で起動しました。ただ、初回起動時はTwenty Twentyfive があたった状態で起動するので、初手で「テーマがないので無効化するよ」というアラートが出ます。
ということで、厳密に何もない状態でスタートしたければ自前でコアを管理するのが確実だと思います。でもわざわざ管理するのって面倒なので、普通に起動してそれから消すのとどっちの手間を取るかな？って感じですね〜。
とりあえず、日本語で使うなら
"core": "https://ja.wordpress.org/latest-ja.zip",
にしておくと、ちょっとだけ入ってる数が少なくなるので、良いような気がしました。