SetouchiさんのおっしゃるようにYouTubeなどにアップして埋め込んだ方が手軽だと思います。
もしも、サーバに直接アップロードしたいのであれば、phpとWebサーバの設定で上げたいファイルの大きさ以上に制限をあげる必要がありますが、それだけでは片手落ちです。というのは、大きいファイルは転送にも時間がかかるからです。途中の回線の太さによっては、転送が終わる前にタイムアウトになってしまう可能性があります。
これを回避するには、Webサーバの設定で、タイムアウトになる時間をのばしてやる必要があります。ところがこれは、.htaccessファイルでは変えられません。Webサーバの大元の設定ファイルを書き換えて、Webサーバを再起動してやる必要があります。
これは、サーバそのものの管理権限がないと無理ですから、VPS上で独自サーバを動かしているとかの場合でないと難しいでしょう。
サーバの設定は変えられないけど、どうしてもあげたいとなれば、FTPかSFTPで転送するしかないでしょうね。