失礼しました。
共有してくださった、.wp-env.json ファイルの mappings という項目の中を改めて確認しますと、
"mappings": {
"wp-content/themes/wp-theme-name/": "./dist/wp-theme-name/",
"sql": "./sql"
}
という記述がありました。
.wp-env.json の mappingsという設定項目は、オリジナルのテーマやプラグインを、先程の隠しファイルで生成された WordPress と関連付けることができる機能です。
従いまして、./dist/wp-theme-name/ というディレクトリの中に今は利用していない古いテーマがあるのでは?と推測しました。
一度ご確認いただけますと幸いです。
念のため環境のバックアップを実施してから、設定ファイルを見直ししてくださいね。(念のために書いています)