この状態なら、サイトAにアクセスしてサイトBが見えてしまうのは、おそらく、サイトAトップの.htaccessにいらんことが書いてあると思います。
あと、この状態だと、サイトAのドメインでアクセスしてサイトBの中身にアクセスできるのはそもそも当たり前なので、分けないとダメです。その際、Webサーバをそのように設定する必要があります。
この状態なら、サイトAにアクセスしてサイトBが見えてしまうのは、おそらく、サイトAトップの.htaccessにいらんことが書いてあると思います。
あと、この状態だと、サイトAのドメインでアクセスしてサイトBの中身にアクセスできるのはそもそも当たり前なので、分けないとダメです。その際、Webサーバをそのように設定する必要があります。